Evil Pen je to učinio još jednom! Srušio je našeg dragog heroja, Sq., zajedno sa svojom novom i robusnom zlom napravom, The Run-O-Matic 2000. I iako naš heroj sigurno neće završiti trku, on je odlučio i moćan je u svojoj volji i zapravo možda neće imati vremena dok ne zaustavi Evil Pen... još jednom. Prijavite se za Sq.-ovo epsko putovanje, trčite, skačite, ronite, letite i pucajte na svoj način, no što je najvažnije spriječite zle planove Evil Pena!